显微检查是诊断鱼病的重要方法之一。有些鱼类病原体肉眼看不清或根本看不见，必须借助于显微仪器来诊断。如白头白嘴病是由细菌引起的，其症状是头、嘴发白，但又往往与车轮虫病并发。而患车轮虫病的病鱼中，有时也会有个别病鱼头部或嘴部出现轻微的灰白现象，容易被误认为是白头白嘴病。通过镜检，就能作出正确的诊断。
仪器用于检查 观察患病水生动物（鱼 、虾、蟹等）的各个组织器官、血液中可能存在的病原体和寄生虫
(1)粘液：在鱼的体表粘液中检查：肉眼看不见的病原体，如颤动隐鞭虫、口丝虫、车轮虫、粘孢子虫和小瓜虫的孢囊以及吸虫囊蚴等。
(2)鳃：检查各种病原体侵袭寄生的部位、细菌或寄生虫性．烂鳃、鳃霉、鳃隐鞭虫、粘孢子虫、微孢子虫、肤孢虫、车轮虫、斜管虫、小瓜虫、半眉虫、舌杯虫、毛管虫等原生动物，指环虫、三代虫、双身虫等单殖吸虫，复殖吸虫囊蚴，软体动物的幼虫以及鳋类等。
(3)肠胃：检查肠胃中的寄生虫如鞭毛虫、变形虫、粘孢子虫、微孢子虫、球虫等原生动物以及复殖吸虫、线虫、棘头虫、绦虫、复殖吸虫、绦虫、线虫和棘头虫、六鞭毛虫、变形虫、肠袋虫
(4)肝脏 检查肝脏中复殖吸虫的孢囊或虫体、粘孢子虫、微孢子虫或球虫形成的孢囊的小白点
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镜检的方法是将从病变部位取少量的组织或粘液置于载玻片上，如是体表和鳃的组织或粘液，应加上少量普通水；是内脏组织则用生理盐水，然后盖上盖玻片，并稍加压平，于显微镜下进行观察，（一般需制2—3块玻片），先用低倍镜检查，当发现有虫体构造看不准时，再换中倍镜或高倍镜检查。玻片从左到右，移下一小格，再从右往左，自上而下周而复始地移动，直至整个玻片看完，记下寄生虫的种类和数量。少量寄生虫并不引起鱼病，但若随意在一个玻片上观察3个视野记数，平均每个视野有20个左右，就应引起注意。一般几十微米大小的寄生虫（如鞭毛虫）用高倍记数，几百微米的寄生虫（如车轮虫）用低倍记数。
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