（1）好氧处理法

该方法是利用微生物处理使有机物转变为无机物、水和菌体，形成絮状物。有生物曝气法和生物膜法两种。生物曝气法，该方法分为吸附、分解、沉降三步。目前常用的好氧处理法有SBR 法、A/O 法、A-B 法等。

（2）厌氧处理法

厌氧消化方法包括微生物在厌氧条件下将有机物降解为有机酸、醛、醇的产酸阶段有机酸降解为甲烷的产气阶段。厌氧发酵不但能量需求大大降低，而且还可产生作为能源使用的沼气，污泥产量极低，可对好氧性微生物不能降解的物进行降解或部分降解，但经厌氧发酵处理后的养殖污水中有机物浓度要高于好氧处理，一般难以去除氮、磷，不能达到污水排放标准，还需要进行进一步的好氧性处理。目前我国开发的工艺较多，主要有上流式厌氧污泥床（UASB）、完全混合式厌氧消化器（CSTR）、厌氧接触反应器（ACP）、厌氧滤池（AF）、厌氧流化床（AFB）、内循环厌氧反应器（IC）等。

（3）自然生物处理法

利用稳定塘内的致病菌和藻类共生作用处理废水，或者利用土壤-微生物-植物组成的生态系统进行净化养殖污水。该方法具有投资运行成本低的优点，缺点是占用土地面积大，受季节影响大，养殖污水停留的时间长。目前处理方法有人工湿地处理、土地处理和稳定塘处理等。人工湿地处理主要采用优化湿地结构，一般对 COD 处理率在 35~50%之间。土地处理是借助土地渗透、地面漫流的方式进行养殖污水的处理，在处理时要防止地下水源的污染。稳定塘是利用天然或人工设计的池塘对养殖污水自净。

     多年以来，我国对一体化养殖污水处理设备工艺和技术进行了大量的研究和探索，对粪便污水处理进行了各方面的试验和实践，取得了行之有效的成功经验，逐渐形成了以生化为主、生化与物化相结合的处理工艺。生化法中常用的有活性污泥法、生物膜法、厌氧和好氧相结合法、水解酸化与好氧相结合等各种工艺。工程实践证实大中型养殖场粪便污水固液分离后进行好氧处理是可行和有效的，对于规模小的采用水解酸化与好氧相结合的方法较为适宜。采用厌氧消化，一方面可减少能源消耗，降低运行费用，另一方面还可以回收甲烷气，并加以利用，从而达到废物利用的作用。

     水解酸化主要用于有机物浓度较高、SS较高的污水处理工艺，是一个比较重要的工艺。水中有机物为复杂结构时，水解酸化菌利用H2O电离的H+和-OH将有机物分子中的C-C打开，一端加入H+，一端加入-OH，可以将长链水解为短链、支链成直链、环状结构成直链或支链，提高养殖污水的可生化性。水中SS高时，水解菌通过胞外粘膜将其粘附，用外酶水解成分子断片再进入胞内代谢，不完全的代谢可以使SS成为溶解性有机物，出水就变的清澈了。这其间水解菌是利用了水解断键的有机物共价键能量完成了生命的活动形式。水解酸化的作用原理是通过兼氧的水解、酸化微生物分解好氧条件下难以降解的有机物，通过养殖污水B/C的提高，以利于后续的好氧生物处理的良好运行。水解酸化摒弃了厌氧消化过程中对环境条件要求十分苛刻、微生物增殖缓慢的产甲烷阶段。使厌氧处理装置的容积大大减小，同时省去了气体回收利用系统。

　　水解酸化反应器不是严格意义上的厌氧反应器，从反应器中需要保持的溶解氧浓度方面考虑，其只能作为兼氧反应器的一种，不是严格的厌氧环境，因此没有或极少产甲烷过程的参与，而通常只是作为好氧反应器前置的一个提高可生化性的系统，能够有效提高好氧反应器的处理效率。

　　水解工艺利用厌氧处理的水解和酸化阶段，而放弃产甲烷(碱性发酵)阶段，水解处理的主要目的是通过水解和非水解作用实现难生物降解有机物的转化，通过分子结构改变(开环、断键、 裂解、基团取代、还原等)，使结构复杂难生物降解的有机物分子转化成可慢速或快速生物降解的有机物，从而明显改善养殖污水的可生物处理性和脱色效果，使最终电子受体包括难生物降解有机物(分子结构中的基团或化学键)。使养殖污水出水水质稳定，减少冲击负荷，为好氧处理创造条件，采用这流程，较好解决养殖污水SS(悬浮物)的问题。另一方面的特点是好氧段产生的剩余污泥全部或部回流到厌氧段，由于厌氧段有足够长的生物固体停留时间(SRT)，污泥可在厌氧段进行彻底的厌氧消化，从而使剩余污泥在循环过程中全部分解为H2O和CO2，整个系统达到自身的污泥平衡，少排或不排污泥，有效地解决废水污泥的问题，同时还能起到生物脱氮的作用。