水箱自洁消毒器的工作原理是氧气(或空气)通过高频高压电场，使空气中的氧气转化为臭氧，并及时与水混合，产生高浓度的臭氧水，利用臭氧的强氧化作用，在水箱中扩散杀灭水中的细菌。
由于臭氧的不稳定型，臭氧在水中存在20分钟以后开始缓慢衰减，最终生成氧气和水，因此水箱自洁消毒器在杀菌过程中，采用的是物理方法，不改变原水水质，不会对水箱里的水产生二次污染。
本设备分为外置式、内置式、WTS式、SCII式四种。内置式和WTS式是安装到水箱内部的，控制柜在水箱外部安装，机电混合罐在水箱内部安装，中间通过线缆、气管连接。机电混合罐内有高效混合泵在水箱内部以达到更好的消毒消毒。外置式和SCII式主要安装在水箱外部，内置循环泵，水通过管道进入设备内部消毒，消毒后的水经回水管流到水箱内部。
水箱自洁消毒器应根据二次供水箱（池）容积和形状选择单台或多台均匀布置(考虑单台消毒器的保护半径)，根据实际情况选择其处理量和安装方式。
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